Hola Fabrizio,
Por lo que describes, la primera instalación falló por el tamaño de sector del NVMe (16384 bytes) y dejó registrada en Windows Installer una parte del motor (Database Engine Services) de la instancia SQLEXPRESS. El error 1639 de Windows Installer significa "argumento de línea de comandos no válido": el setup intenta crear la instancia como nueva (MSINEWINSTANCE), pero Windows Installer ya tiene ese nombre de instancia registrado, así que (por lo que veo) rechaza la instalación.
Yo lo haría en este orden:
1. Confirma que el arreglo del sector está activo. SQL Server solo admite sectores de 512 o 4096 bytes. Microsoft documenta la clave ForcedPhysicalSectorSizeInBytes para NVMe en Windows 11. En un CMD como administrador:
REG QUERY "HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\stornvme\Parameters\Device" /v "ForcedPhysicalSectorSizeInBytes"
fsutil fsinfo sectorinfo C:
El valor debe ser * 4095 y, después de reiniciar, fsutil debe mostrar 4096 o menos en PhysicalBytesPerSectorForAtomicity y PhysicalBytesPerSectorForPerformance. Si no reiniciaste después de añadir la clave, reinicia antes de seguir.
2. Quita la instancia a medias desde Configuración. Configuración > Aplicaciones > Aplicaciones instaladas, busca "sql", selecciona Microsoft SQL Server 2025 (64-bit) > Desinstalar > Quitar. En "Seleccionar instancia" elige SQLEXPRESS y marca todas sus características. Reinicia y vuelve a ejecutar el instalador de Express.
3. Si la desinstalación vuelve a fallar ("failed to restore the instance name"), revisa los logs antes de tocar el registro a mano: Summary.txt y Detail.txt en %programfiles%\Microsoft SQL Server\<nnn>\Setup Bootstrap\Log\ (busca "error" o "failed"). Ahí verás qué componente MSI quedó registrado.
4. Alternativa rápida: instalar con otro nombre de instancia, por ejemplo SQLEXPRESS01, en la página de configuración de instancia. Así el setup no choca con el registro huérfano y puedes trabajar ya. Luego te conectas en SSMS a .\SQLEXPRESS01.
Limitaciones: no he reproducido tu caso exacto en Windows 11 Home con SQL Server 2025 Express. El paso 4 es lo que yo haría para desbloquearte, pero no limpia los restos de la primera instalación (quedan ocupando espacio y entradas en Windows Installer). No recomiendo borrar claves de Windows Installer a mano sin una copia de seguridad del registro. SSMS 22 no se ve afectado por nada de esto, es una instalación aparte.
Fuentes: